Giải trình tự ADN bằng phương pháp Sanger

Giải trình tự Sanger, còn được gọi là "phương pháp kết thúc chuỗi", là công nghệ giải trình tự ADN dựa trên sự kết hợp có chọn lọc các dideoxynucleotide kết thúc chuỗi bởi DNA polymerase trong quá trình sao chép ADN trong ống nghiệm.

Được phát triển bởi nhà khoa học hai lần đoạt giải Nobel Frederick Sanger và các đồng nghiệp của ông vào năm 1977, do đó được đặt tên là Sanger Sequence.

Công nghệ giải trình tự Sanger là phương pháp giải trình tự ADN được sử dụng rộng rãi nhất cho đến nay.

Gần đây, giải trình tự Sanger đã được thay thế bằng các phương pháp giải trình tự thế hệ mới hiệu năng cao (Next-Generation Sequencing, NGS), đặc biệt là đối với các phân tích bộ gen tự động, quy mô lớn.

Tuy nhiên, Sanger vẫn hữu ích cho việc xác định trình tự các gen đơn lẻ hoặc mục tiêu amplicon có chiều dài lên đến 100 base pairs, cho các dự án liên quan đến 96 mẫu hoặc ít hơn, để xác định vi sinh vật và phân tích đoạn gen và để phân tích các lần lặp lại song song ngắn.

Hơn nữa, giải trình tự Sanger được coi là “tiêu chuẩn vàng” cho công nghệ giải trình tự để xác nhận trình tự của các gen cụ thể vì cung cấp độ chính xác cao, khả năng đọc lâu và tính linh hoạt để hỗ trợ nhiều ứng dụng đa dạng trong nhiều lĩnh vực nghiên cứu.

Giải trình tự Sanger cũng là nền tảng xét nghiệm được sử dụng rộng rãi nhất để phát hiện đột biến trong các cơ sở ung thư khác nhau, vì nó cung cấp một cuộc kiểm tra toàn diện về tất cả các sai lệch di truyền trong vật liệu mẫu.

Giải trình tự Sanger được sử dụng để nghiên cứu một tập hợp con nhỏ các gen liên kết với một kiểu hình xác định, xác nhận các biến thể của quy trình giải trình tự thế hệ mới hiệu năng cao (NGS), phát hiện tỷ lệ alen nhỏ xuống đến 5% hoặc đọc các trình tự liền kề lên đến 1.000 base pairs.

Giải trình tự Sanger đã được chứng minh là hữu ích để đánh giá sự hiện diện hay vắng mặt của các đột biến nucleotide đơn tái phát hoặc sự chèn / xóa nhỏ trong gen sinh ung thư và gen ức chế khối u trong các mẫu bệnh phẩm được phẫu thuật cắt bỏ.

Giải trình tự Sanger được sử dụng rộng rãi cho các ứng dụng giải trình tự ADN, nhưng cũng hỗ trợ các ứng dụng trong giải trình tự ARN (RNA sequencing) và phân tích biểu sinh (epigenetic analysis).

Tại NOVAGEN, chúng tôi đang cung cấp các gói dịch vụ giải trình tự gen bằng phương pháp Sanger hỗ trợ các nhóm nghiên cứu triển khai Đề tài/Dự án về Công nghệ sinh học, Di truyền Y học...

Hơn một thập kỷ kinh nghiệm trong lĩnh vực giải trình tự Sanger đã giúp NOVAGEN trở thành đối tác hàng đầu cho các dự án giải trình tự ADN của các Viện/Trung tâm nghiên cứu tại Việt Nam.

Nhận kết quả tiêu chuẩn cao với thời gian triển khai ngắn và hỗ trợ khách hàng được cá nhân hóa.

Đội ngũ kỹ thuật được đào tạo chuyên sâu của NOVAGEN cung cấp cho bạn dịch vụ tốt nhất trên thị trường. Nếu bạn có thêm yêu cầu hoặc câu hỏi, vui lòng liên hệ với chúng tôi.

HOTLINE: 0987.666.081

Quy trình giải trình tự Sanger

B1: PCR Amplification

Sử dụng Công cụ Invitrogen™ Primer Designer™ trực tuyến để thiết kế cặp mồi trình tự PCR/Sanger phù hợp từ cơ sở dữ liệu gồm ~650.000 cặp mồi được thiết kế trước để sắp xếp lại trình tự bộ gen exome và ty thể của con người. 

Các đoạn mồi không chứa SNP và các primer-dimers đã biết, có tính đặc hiệu cao đối với mục tiêu và được sử dụng trong các điều kiện PCR phổ quát.

Cấu hình mồi linh hoạt để đáp ứng nhu cầu nghiên cứu: mồi có thể được đặt hàng không sửa đổi, gắn đuôi M13, tinh khiết HPLC hoặc khử muối.

Tất cả các đoạn mồi đã được kiểm tra bằng phép đo khối phổ và đã vượt qua các chỉ số tin sinh học nghiêm ngặt; các thử nghiệm xác nhận tại phòng thí nghiệm đã cho thấy tỷ lệ thành công> 95%.

B2: PCR Cleanup

Thuốc thử ExoSAP-IT Express của Applied Biosystems cung cấp thời gian quay vòng nhanh và cải thiện hiệu quả sử dụng tài nguyên đồng thời mang lại khả năng làm sạch vượt trội giống như thuốc thử ExoSAP-IT ban đầu.

Loại bỏ cột quay, hạt từ tính, lắng đọng, lọc và tinh chế gel.

Công nghệ ExoSAP-IT mới cho phép giảm đáng kể thời gian làm sạch mẫu với các bước tối thiểu, mang lại quy trình làm việc đơn giản nhất.

• Tổng thời gian chỉ 5 phút
• Quy trình làm sạch sản phẩm PCR đơn giản (một ống, một bước)
• Công nghệ enzym mới
• Thu hồi 100% sản phẩm PCR

B3: Cycle Sequencing

Bộ công cụ giải trình tự Sanger cao cấp giúp cung cấp các giải pháp cho tất cả các ứng dụng và mẫu đa dạng.

Bộ công cụ giải trình tự chu kỳ trực tiếp (BigDye Direct Cycle Sequencing Kit) của Application Biosystems đơn giản hóa quy trình giải trình tự Sanger tiêu chuẩn bằng cách kết hợp làm sạch sau PCR và giải trình tự chu kỳ thành một bước duy nhất.

BigDye Direct Cycle Sequencing Kit yêu cầu đoạn mồi PCR có đuôi M13, có sẵn thông qua ứng dụng trực tuyến Primer Designer Tool.

BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit

Được tạo bởi các chuyên gia và được tinh chỉnh bởi các nhóm toàn cầu, bộ giải trình tự chu trình BigDye Terminator v3.1 mang lại tính linh hoạt đặc biệt và hiệu suất cao. Đây là một giải pháp toàn diện, toàn diện, được xây dựng để giải trình tự de novo, giải trình tự lại và hoàn thiện sản phẩm PCR, plasmid, fosmid và các khuôn BAC.

Cải thiện chất lượng kết quả và tỷ lệ thành công, đặc biệt với các mẫu khó:

• Thích hợp cho nhiều ứng dụng giải trình tự
• Tối ưu hóa cho thời lượng đọc dài
• Đặc tính di động của thuốc nhuộm tinh vi
• Đọc hiệu suất tinh chỉnh thông qua các vùng giàu GT
• Cân bằng tín hiệu tối ưu
• Hoàn thành nhanh chóng các dự án giải trình tự

B4: Sequencing Cleanup

Bộ công cụ tinh sạch BigDye XTerminator (BigDye XTerminator Purification Kit) của Applied Biosystems cung cấp phương pháp tinh sạch đơn giản, nhanh chóng cho các phản ứng giải trình tự ADN để loại bỏ các muối và chất kết thúc BigDye chưa hợp nhất.

Không còn đốm màu nhuộm.

Quá trình tinh sạch hoàn tất trong vòng chưa đầy 40 phút.

B5: Capillary electrophoresis

Quá trình giải trình tự được tiến hành trên hệ thống 3500 Series Genetic Analyzer

B6: Data analysis

Dữ liệu thô từ hệ thống giải trình tự 3500 được phân tích bằng phần mềm Minor Variant Finder.

Độ nhạy được cải thiện đạt được bằng cách sử dụng Phần mềm Minor Variant Finder của Applied Biosystems làm cho giải trình tự Sanger trở thành lựa chọn lý tưởng cho các bác sĩ ung thư và/hoặc nhà nghiên cứu bệnh học để làm việc với các biến thể soma tần số thấp (5% hoặc thấp hơn) trong đó số lượng mục tiêu liên quan thường bị hạn chế. Phần mềm không yêu cầu thay đổi quy trình giải trình tự Sanger hiện tại của nhóm nghiên cứu.

Mô đun phân tích Sanger (Sanger Analysis Modules) của hãng Applied Biosystems là các công cụ phân tích dữ liệu thứ cấp dựa trên đám mây sáng tạo MIỄN PHÍ, tập hợp nhiều bộ dữ liệu ở một nơi thuận tiện. Giải pháp trực tuyến này giúp xem, lưu trữ và phân tích dữ liệu giải trình tự Sanger dễ dàng hơn.